Eduard Habsburg-Lothringen je bil rojen leta 1967 v družini Michaela Habsburg-Lothringen in Christiane, princese Löwenstein-Wertheim-Rosenberg. Njegov ded po očetovi strani je bil nadvojvoda Jožef Franc Habsburško-Lotarinški (1895–1957), sin nadvojvode Jožefa Avgusta (1872–1962) in bavarske princese Avguste Marije Luize (1875–1964). Avgusta Bavarska je bila hči nadvojvodinje Gizele, hčerke cesarskega para Franca Jožefa I. in Elizabete. Edvard je torej pra-pra-pravnuk Franca Jožefa in Elizabete (Sisi).

Je poročen mož in oče šestih otrok, od leta 2015 opravlja službo veleposlanika Madžarske pri Svetem sedežu.